Kisgyermekeknél hormonális rendellenesség esetén a kezelés a következő injekciókból állhat Tesztoszteron, melynek adagolását és rendszerességét az endokrinológus határozza meg. Ez a jól követett kezelés növeli a pénisz méretét. Ha a mikropénisz tesztoszteronra érzéketlen szövetei okozzák, ennek a hormonkezelésnek nincs hatása.

Minél korábban észlelik a mikropéniszt, annál gyorsabban kezdik meg a kezelést, annál hatékonyabb lesz. A pubertás körüli kezelésre is szükség lehet. A pubertás után a hormonkezelés már nem hatékony, mert a szövetek már nem reagálnak ugyanúgy.

A mikropénisz sebészeti kezelése     

Felnőttkorban, amikor a mikropéniszt nem kezelték, vagy a kezelés nem volt kellően hatékony, a sebészet lehetséges. Ez azonban nem mindig ad meggyőző eredményeket.

A szalag szakasza felfüggesztő a pénisztől a szeméremcsontig terjedő péniszből felajánlható. Semmilyen módon nem módosítja a péniszt, de részben leválasztja a szeméremtestről, így hosszabbnak tűnik. A megfigyelt gyarapodás petyhüdt állapotban 1-2 cm, erekcióban 1,7 cm. Ezt a meghosszabbítást az instabil erekciós pénisz árán lehet elérni, mivel kevésbé jól tapad a szeméremtesthez, ami kevésbé könnyűvé teheti a behatolást.

Aautológ zsírinjekció magában foglalja az alany zsírjának befecskendezését péniszének bőre alá. Ez semmilyen módon nem hosszabbítja meg a pénisz, hanem vizuálisan vastagabbá teszi. A behelyezett zsírnak csak egy részét nem szívja fel a szervezet idővel (10-50%-a a témától függően). A felszívódás egyenetlen lehet, és „rózsafüzér” megjelenéséhez vezethet.

A mikropénisznek jelentős pszichológiai hatásai lehetnek, különösen serdülőkorban, fontos, hogy az illetőt segítsék, kétségeit figyelembe vegyék.